Oltre a diverse pelli di serpenti, nella collezione del Museo sono presenti 20 esemplari di rettili appartenenti a 14 specie. I coccodrilli sono diffusi nelle regioni tropicali e si distinguono facilmente dagli alligatori perché possiedono sulla mandibola un dente che resta visibile anche a bocca chiusa.
Il coccodrillo palustre (Crocodylus palustris) vive nelle acque dolci indiane ed era considerato sacro, è un temibile predatore, persone presunte colpevoli di reati venivano infatti gettate nei fiumi dove questi coccodrilli erano numerosi e solo se si salvavano erano considerate innocenti.

Il coccodrillo americano (Crocodylus acutus) al contrario, pur essendo di mole considerevole (può raggiungere i 6 m), non attacca l'uomo e si nutre essenzialmente di pesci.

Il pitone reticolato (Pyton reticulatus) può raggiungere i 9 m di lunghezza, vive nel sud est asiatico sulle rive dei fiumi, ma spesso si spinge sino ai sobborghi delle città dove si nutre di anatre, cani e forse anche maiali; di solito non aggredisce prede più grosse che farebbe fatica ad ingoiare ed è quindi inoffensivo per l'uomo.
Il pitone regio (Pyton regius) è un piccolo serpente che vive in Africa occidentale, è particolarmente mite e, se molestato, si ravvolge su se stesso contraendo fortemente i muscoli ed assumendo la forma di una palla ("pitone palla").

Una credenza popolare priva di fondamento sostiene che l'Elaphe quatuorlineata (cervone), serpente europeo, sia ghiottissimo di latte arrivando al punto di attaccarsi alle mammelle delle mucche e delle capre per succhiarne.

Il varano del Nilo (Varanus niloticus) vive in Africa ed ha abitudini acquatiche. Una curiosa caratteristica di questa specie è che la femmina depone le uova (anche 60 alla volta) in un termitaio in cui scava un buco quando questo è ammorbidito dalla pioggia, successivamente abbandona le uova alla involontaria cura delle termiti ed il calore del termitaio consente loro un'ottima incubazione.

Le origini delle tartarughe sono contemporanee ai dinosauri, esse si sono mantenute senza essenziali mutamenti dal Triassico (230 milioni di anni fa) ai nostri giorni ereditando dai loro antenati un carapace munito di aperture per il passaggio di testa, arti e coda. Famosa per la bellezza della sua corazza è la tartaruga embricata(Eretmochelys imbricata) che vive nelle regioni tropicali ed intertropicali ed è oggetto di caccia proprio per la sua singolarità. La raccolta ed il commercio delle uova hanno messo in grave pericolo di estinzione un'altra specie, Caretta caretta, che è diffusa sia nei mari tropicali che nelle zone temperate e fredde. Allo scopo di evitare la sua scomparsa attualmente si proteggono i luoghi di riproduzione o si raccolgono le uova incubandole in laboratorio.