Il Museo possiede una ricca collezione di uccelli, oltre 500 esemplari, infatti, trovano spazio nelle vetrine relative all'avifauna; le specie classificate sono circa 200.

La Paradisea apoda (uccello del paradiso) ha una livrea molto vistosa e vive nelle foreste della Nuova Guinea, il suo nome deriva dal fatto che gli indigeni, imbalsamando questi esemplari, asportavano loro le zampe.

Il martin pescatore (Alcedo atthis) è famoso per la sua abilità di pesca, si nutre infatti di pesci e crostacei che cattura lanciandosi a notevole velocità sott'acqua, tornato in superficie uccide la preda prima di ingoiarla colpendola contro sassi.

Gli uccelli più piccoli sono i famosi colibrì che vivono in America, si nutrono del nettare dei fiori ed hanno una bellissima livrea colorata.

Tra i rapaci notturni delle nostre zone: il gufo reale (Bubo bubo), il più grosso gufo presente in Italia ed il barbagianni (Tyto alba) che vive in vecchi casolari abbandonati.

Fra i pappagalli si evidenzia il cacatua bianco (Kakatoe galerita) con la sua livrea bianco candido ed un grosso ciuffo giallo limone sulla testa. Il pappagallo cenerino (Psittacus erithacus) è invece considerato il più intelligente tra i pappagalli, vive in Africa ed è considerato animale da compagnia, utilizza infatti le frasi imparate, rispondendo con cognizione ad esempio quando dice «buon giorno» o «buona sera».

Uno dei più grandi uccelli europei è la gru comune (Grus grus) che ha un'apertura alare di 2.5 m; è un uccello migratore, in Italia è di passo e sverna in Spagna, nell'Africa del nord e nell'Asia del sud. I gruppi migratori assumono nel cielo la caratteristica forma a «V».

Il pavone (Pavo cristatus) si distingue dagli altri galliformi per la smisurata lunghezza delle penne della coda del maschio (1.2 m), vive in India. Presso i popoli antichi era tenuto in allevamento, non solo per la sua bellezza, ma anche per la prelibatezza delle sue carni.

Il più bel rappresentante dei rapaci diurni è senza dubbio l'aquila reale (Aquila chrysaetos) che, con la sua apertura alare di oltre 2 m, ha alimentato le leggende di tutti i tempi come simbolo di forza e potenza. In Italia nidifica sulle Alpi, sugli Appennini e sui monti di Sicilia e Sardegna. Il suo unico nemico è l'uomo che, sottraendole risorse selvatiche (prede) e riducendone lo spazio vitale, le sta facendo rischiare l'estinzione.

Fra gli uccelli acquatici o semiacquatici: gli elegantissimi cigni (cigno reale e cigno nero) e i fenicotteri rosa (Phoenicopterus ruber) che sono i più grandi trampolieri presenti in Europa.

Fra gli uccelli più grandi: lo struzzo (Strutio camelus) ed il nandù (Rhea americana); agilissimo nella corsa il primo (può raggiungere i 70 km/ora) vive in Africa, le sue penne bellissime erano apprezzate sin dall'antichità ed i suoi occhi sono curiosamente dotati di lunghe ciglia. Il nandù abita invece le «pampas» dell'America meridionale. torna su