O ltre a diverse pelli di serpenti, nella collezione del Museo sono presenti 20 esemplari di rettili appartenenti a 14 specie. I coccodrilli sono diffusi nelle regioni tropicali e si distinguono facilmente dagli alligatori perché possiedono sulla mandibola un dente che resta visibile anche a bocca chiusa. 
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Il coccodrillo palustre (Crocodylus palustris) vive nelle acque dolci indiane ed era considerato sacro, è un temibile predatore, persone presunte colpevoli di reati venivano infatti gettate nei fiumi dove questi coccodrilli erano numero si e solo se si salvavano erano considerate innocenti.
Il coccodrillo americano (Crocodylus acutus) al contrario, pur essendo di mole considerevole (può raggiungere i 6 m), non attacca l’ uomo e si nutre essenzialmente di pesci.
Il varano del Nilo (Varanus niloticus) vive in Africa ed ha abitudini acquatiche. Una curiosa caratteristica di questa specie è che la femmina depone le uova (anche 60 alla volta) in un termitaio in cui scava un buco quando questo è ammorbidito dalla pioggia, successivamente abbandona le uova alla involontaria cura delle termiti ed il calore del termitaio consente loro un’ottima incubazione.